根系的分析歷史也比較長遠了，在這樣的狀態之下，根系的研究方法也總結出來很多，從根系研究科學的開始到現在利用科學計算機技術，對根系的分析沒有變，變的只是分析的工具?，F代根系分析系統的應用使分析過程準確。

因為根系是作物的地下營養器官，不僅為作物吸收土壤中的水分和養分，固定植株，更是氨基酸、激素等微量活性物質合成與轉化的場所。對于根系的分析歷史如果追溯起來也是一本厚厚的歷史資料，美國植物生態學家經典挖掘方法進行根系研究，此后作物根系研究逐漸展開，但進展緩慢。自20世紀80年代以來，隨著人們對根系重要性認識的加強，以及研究方法和技術的不斷改進，作物根系研究取得了重大進展。

根系分析系統的基本原理是將掃描系統與圖形分析軟件結合起來，利用圖像分析軟件對掃描的根系圖像進行分析，計算出根系長度、表面積、體積、根尖數量等指標。其中系統可以拍攝根系的立體光照片，是非破壞性的原位分析系統，非常適合于研究植物根系對脅迫的動態響應。根系分析系統的應用降低了研究者對根系參數獲取的難度，但高準確度以及對大田植株整體根系的動態監測還難以實現。

賽亞斯根系分析系統SGX-A/根系圖像分析儀/根系圖像分析系統/植物根系圖像監測分析系統按成像方式不同，可分為對原位根系圖像的分析儀，以及對洗根后的根系圖像分析儀。一般都要求可分析根系的長度、直徑、面積、體積根尖數、分叉數、根交叉數等。

專業些的根系分析系統，還可分析植物根系的主側根拓撲形態關系、連接關系，以及根尖部位的色彩變化，以便進行根系形態和構造研究。根系分析系統應具備大批量圖像的全自動分析特性，用戶可對自動分析結果進行局部的交互編輯修正，以確保數據的科學性。

對原位根系圖像，因根系與土壤的顏色可能非常接近，故國內外均采用圖像中根系目標的自動增強后，以交互引導的方式進行標記分析的。

另外，還有引入分形維數，以及直方圖投影來進行根系整體生物量分析的。根系分析的還可分析根瘤菌體積在根系中的占比，以客觀確定根瘤菌體的貢獻量。